پیشینه ی فعالیت مدارس خودگردان در ایران به حدود 30 سال پیش بر می گردد. این مدارس پاسخ مهاجرین افغانستانی بویژه بانوان و زنان تحصیل کردهی جوان مهاجر به بسته شدن درهای مدارس رسمی و دولتی به روی کودکان مهاجر بود. مدارس خودگردان بدون وابستگی به دولت و دیگر سازمانهای رسمی و غیر رسمی، به صورت کاملا خودجوش در خانه ها، مساجد، زیر زمین ها، گاوداری ها، مرغداری ها و هر مکانی دیگری که کودکان مهاجر نمی توانستند وارد مدارس شوند شکل گرفت. از سال های 1370 دولت ایران قوانین سختگیرانه ای را برای بیرون راندن مهاجرین تعیین کرد. آنها می خواستند با بستن درهای مدارس به روی کودکان مهاجر، خانواده های آنان وادار به ترک ایران شوند اما افغانستان هنوز درگیر جنگ داخلی و قومی و بیکاری و فقر بود و بسیاری از مهاجرین سرپناهی در افغانستان نداشتند به همین دلیل بسیاری از خانواده ها با وجود اخراج کودکان شان از کلاس درس و مدارس دولتی را ترک نکردند.
همه ی این عوامل دست به دست هم داد تا گسترده ترین شبکه ی آموزشی و اداری مهاجرین، بدون وابستگی به دولت و احزاب و دیگر سازمانهای دولتی و غیر دولتی، به کمک خود مهاجرین و بویژه بانوان مهاجر، شکل بگیرد و با سرعت گسترش یابد. دو مؤلفه ی اصلی آموزش یعنی انگیزه برای یادگیری در دانش آموزان و انگیزه برای یاددهی در معلمان بسیار قوی بود که همین دو فاکتور سبب شد با همه ی کاستی ها و کمبودها و نداشتن امکانات اولیه ی آموزشی مانند کتاب، میز و نیمکت، کلاس استاندارد و حتی معلم های حرفه ای این مدارس راه خود را بیابند و پایدار بمانند و بار سنگین آموزش هزاران کودک مهاجر را به دوش بکشند و در کنار آن به دیگر نیازهای فرهنگی این کودکان مانند کتابخوانی، تاسیس کتابخانه در هر مدرسه، تالیف و چاپ مجله، کتابهای درسی در باره ی افغانستان و هویت بچه ها و دیگر برنامه های فرهنگی بپردازند.
«پروفسور هما هودفر» که تحقیقات گسترده و عمیقی را در باره ی این مدارس انجام داده و در کتابی به نام
instance Hoodfar, “Women, Religion and the ‘Afghan Education Movement’ in Iran ‘“ Journal of Development Studies, Vol. 43, No. 2, 265–293, 2007